Sebastian I. wurde am 20. Januar 1554 postum in Lissabon als Sohn von Johann Manuel von Portugal und dessen Gemahlin Johanna von Spanien Er war somit ein Enkel des portugiesischen Johann III. dem er nach dessen Tod 1557 auf dem Königsthron folgte.
Beim Tod seines Großvaters des Königs Sebastian gerade drei Jahre alt. Erneut mußte eine Regentschaft die Macht übernehmen. Diese fiel seiner Großmutter Katharina der Witwe Johann III. Schon bald jedoch übernahm Kardinal Heinrich Erzbischof von Lissabon ein Bruder Johann und somit Großonkel des König Sebastians die 1568 übernimmt Sebastian als 15-jähriger schließlich selbst Regierung.
Seine Herrschaft sollte für Portugal katastrophale haben.
Sebastian lebte in einer Traumwelt angefüllt mittelalterlichen ritterlichen Idealen. Sein großes Ziel war für Portugal ein großes nordafrikanisches Reich zu Einen Thronnachfolgestreit im Sultanat von Fes zum Anlaß nehmend versammelt der König sich als Nachfolger der Kreuzfahrer mit der wähnte Marokko endgültig von den Arabern zu befreien Armee von 18.000 Mann und marschiert in arabischen Teil Marokkos ein. Die Schlacht von Alcazarquivir (al-Qasr al-Kabir) 1578 in Marokko wird Katastrophe für die Portugiesen. Das weit überlegene des Sultans Muley Abd-el Malik schlägt die Portugiesen König Sebastian wird der Schlacht getötet sein Leichnam bleibt auf Schlachtfeld verschollen. Weitere 8.000 Portugiesen darunter die portugiesischen Adeligen fallen in der Schlacht. 15.000 darunter 100 hohe portugiesische Adelige geraten in Portugal muß den größten Teil seines Staatsschatzes Auslöse bezahlen.
Sebastian fällt unverheiratet und kinderlos. Deshalb der vormalige Regent Kardinal Heinrich als letztes Mitglied des Hauses Avis nunmehr selbst den Die Niederlage von Alcazarquivir hatte das Land geschwächt dass es nach dem Tode Kardinal an die spanischen Habsburger fiel womit die portugiesische Unabhängigkeit zeitweise war.
Die Leiche des Königs wurde auf Schlachtfeld nie gefunden. Daraus entwickelte sich die dass Sebastian noch lebe und sein Land aus höchster Gefahr eretten werde. Während der der spanischen Habsburger in Portugal traten auch drei "falsche Sebastiane" auf die Anführer von Aufständen gegen die Spanier waren.