Emmius wurde als Sohn des evangelisch-reformierten Emme Dyken und dessen Ehefrau Elke Tjarda aus Norden (Niedersachsen) 1547 in Greetsiel geboren. Er besuchte Lateinschule in Emden und anschließend das "Gymnasium illustre" in Zwei weitere Ausbildungsjahre an der Lateinschule in folgten. 1569 finden wir ihn an der Universität Rostock wo der Historiker Chythraeus nachhaltig Einfluß ihn ausübt.
1574 muß er aufgrund des Todes seines nach Greetsiel zurückkehren. Zwei Jahre später verläßt das ostfriesische Fischerdorf und wandert zu Fuß Richtung Süden. Auf seiner Wanderung entlang des macht er Station in Heidelberg und Freiburg besucht in Basel das Grab seines Vorbildes Erasmus von Rotterdam und gelangt schlielich an seinen zweiten Genf. "Hier wurde er Zeuge des theologischen das in endlosen Kämpfen zum definitiven Riß Lutheranern und Reformierten führte; in dieser Stadt der dem Humanismus die neue reformatorische Linie gegeben wurde er seinen festen Standpunkt den religiösen und politischen." (Derk de Haan s. unter Literatur)
1578 kehrt er nach Ostfriesland zurück. Ihm werden in Norden alternativ und Rektorat der Lateinschule angeboten. Er entscheidet für die Lehrtätigkeit und ist 9 Jahre Rektor seiner ehemaligen Ausbildungsstätte die heute den Ulrichsgymnasium trägt. 1587 wird er Opfer der Religionsstreitigkeit der Grafenfamilie und wechselt 1588 nach Leer wo er ebenfalls Rektor der Lateinschule heutigen Ubbo-Emmius-Gymnasiums wird.
1596 folgt er einem Ruf nach Groningen wird zum Gründer der dortigen Universität. Im 1625 stirbt er hochbetagt.
Ein Großteil seines wissenschaftlichen Wirkens bezieht auf die religiösen und politischen Streitigkeiten seiner Von den Niederlanden aus führt er einen Kampf gegen die lutherische Hofpartei in Aurich und die absolute Fürstenherrschaft in Ostfriesland. aufklärerischen Bücher und Schriften werden öffentlich verbrannt.
Sein berühmtestes Werk sind die "Rerum historiae libri 60" ("die sechzig Bücher der Geschichte") versehen mit einer detailgetreuen Karte Ostfrieslands. politischen Schriften und Briefwechsel mit den führenden seiner Zeit in denen er das Widerstandsrecht Volkes gegen die Obrigkeit vertritt kennzeichnen ihn einen Vorläufer des Parlamentarismus und des Revolutionsrechtes von dem eine direkte Linie zu Jean Jacques Rousseau und in die Französische Revolution führt.
W.J. Kuppers (Hrsg.) Ubbo Emmius. Een Oostfries geleerde in Groningen Ubbo Emmius. Ein ostfriesischer Gelehrter in Groningen (Groningen/Emden 1994) - Dieses Buch enthält ausführliche Bibliografie und Lebensbeschreibung Ubbo Emmius´.
Derk de Haan Ubbo Emmius in: "400 Jahre Ulrichsgymnasium Norden" (Norden S. 88
Ubbo Emmius Friesische Geschichte Bdd I-VI (aus dem Lateinischen übersetzt Erich von Reeken) (Frankfurt am Main 1981)