1547 entwickelte der Kurfürst Johann Friedrich von der sich in den Fängen von Kaiser Karl V. befand den Plan eine Universität in aufzubauen. Dieser Plan wurde von seinen drei ausgeführt. Nachdem Kaiser Ferdinand I. seine Zustimmung gegeben hatte wurde die am 2. Februar 1558 gegründet.
Die Universität die als Heimstätte für neuen religiösen Richtungen des 16. Jahrhunderts gegründet war entwickelte sich zu einem Vorreiter des Radikalismus unter den deutschen Universitäten. Stärker als jeder anderen Universität war in Jena das welches man häufig unter dem Begriff des Lebens - nämlich das Duellieren und das Streben nach Freiheit - verbreitet. Das Ende des 18. und der Anfang des 19. Jahrhunderts brachten die Gründung neuer Universitäten und Verdächtigungen verschiedener Regierungen gegenüber den in Jena demokratischen Ideen. Jena gilt als Gründungsort der deutschen Burschenschaft .
Neben der neuen Bibliothek gelten die Sternwarte und der botanische Garten als Aushängeschilder Universität. Jena gilt als führend in den Biologie Physik und Psychologie und verfügt über ein gut ausgestattetes Universitätsklinikum .
Im 20. Jahrhundert wurde die Universität durch die Kooperation den Zeiss -Werken gefördert.
Die Universität Jena entwickelte sich jedoch einer Massenuniversität. Gab es 1905 noch 1.100 Studenten und 112 Hochschullehrer hat sich diese Zahl seither mehr als