Unterschieden werden sie von den Neukiefervögeln (Neognathae) hauptsächlich durch eine andere Gaumenstruktur. Laufvögel haben zudem allesamt die Fähigkeit zum verloren und auch die Steißhühner sind keine Flugvögel. Andererseits sind nicht alle nicht-fliegenden Vögel Bestandteil der Urkiefervögel: Die fluglosen Pinguine z.B. zu den Neukiefervögeln gerechnet.
Über die systematische Stellung der Urkiefervögel Unklarheit. Die traditionelle Ansicht ist dass sie schon sehr früh von allen anderen Vogelarten haben. Neuere molekulargenetische Untersuchungen sprechen für eine zusammen mit den Gänsevögeln (Anseriformes) und Hühnervögeln (Galliformes). Andere Studien gehen wiederum von späten Trennung der Ur- und Neukiefervögel aus sehen die Sperlingsvögel (Passeriformes) als frühe Abspaltung von allen Vögeln.