Seit 1920 war er Leiter der neurologischen Abteilung an der Medizinischen Klinik in 1926 besuchte er Sigmund Freud ; dieser Besuch hatte eine zentrale Bedeutung sein weiteres Schaffen. Im selben Jahr erschien Weizsäckers Schrift Stücke einer medizinischen Anthropologie in der von Martin Buber und Joseph Wittig herausgegebenen Zeitschrift Die Kreatur . Von 1926 bis 1928 war er auch Mitherausgeber dieser vierteljährlich Publikation. 1932 formulierte er die Gestaltkreisidee eine Theorie Einheit von Wahrnehmung und Bewegung .
Im Jahr 1941 war Weizsäcker Leiter des Otfried-Foerster-Instituts in Breslau . Im Januar 1945 floh er aus Breslau und übernahm August kommissarisch die Leitung des physiologischen Instituts Heidelberg. 1952 wurde er emeritiert . Nach längerer Krankheit starb Viktor von am 9. Januar 1957 in Heidelberg.