Bereits seit frühesten Zeiten war Bayern Seit dem Paläolithikum finden sich Spuren menschlicher Besiedelung. In Jungsteinzeit ( Neolithikum ) wanderte über Ungarn und Österreich eine Bevölkerung ein die sich ab ca. 5500 Chr. vor allem auf den fruchtbaren Lössflächen der Flussläufe niederließ. Diese Menschen waren die Ackerbauern und Viehzüchter und stellten eine besondere her die auf Grund ihrer Verzierung als Linearbandkeramik bezeichnet wird. Die Kultur der Linearbandkeramik zeichnet sich durch bestimmte Grabsitten speziellen und eigene religiöse Vorstellungen aus die sich von denen der vorangegangenen Jäger- und Sammlergruppen
Auf die Linearbandkeramik folgte die Stichbandkeramik eine Kulturgruppe die wahrscheinlich kontinuierlich aus der Kultur der Linearbandkeramik Die Verzierungen auf den Gefäßen wurden nun mehr geritzt sondern setzten sich aus einzelnen zusammen. Ein bekannter Fundort aus dieser Zeit z. B. Regensburg-Harting.
In Niederbayern und Böhmen bis zum Becken bildete sich im Anschluss an die die sogenannte Oberlauterbacher Gruppe eine regionale Entwicklung einer einzigartigen Gefäßverzierung. Aus dieser Zeit sind noch Gräber bekannt. Wichtige ergrabene Siedlungen dieser sind Kothingeichendorf und Geiselhöring.
Bereits in die Kupferzeit nach anderen Chronologieschemata ins Jungneolithikum datierend die Münchshöfener Kultur benannt nach dem gleichnamigen Münchshöfen bei Straubing. Diese Kultur ist stark Böhmen und Mähren beeinflusst. Typisch in der sind große Fußschalen sogenannte Pilzschultergefäße und eine geritzte Verzierung der Gefäße. Auch aus dieser sind kaum Gräber bekannt.