Balthasar Hubmaier (1485 - 1528) bedeutender Täufer war zunächst katholischer Pfarrer in Waldshut später Begründer der Waldshuter Täufergemeinde. Er wurde Wien als Ketzer verbrannt.
Die Stadt liegt an der Eisenbahnstrecke Basel und Schaffhausen und stellt mit ihrem Bahnhof einen wichtigen Knotenpunkt für die Eisenbahn dar. Der Grenzübergang der Eisenbahn nach Koblenz ist der älteste dieser Art zwischen und der Schweiz. Die Wutachtalbahn hat ihren südlichen Endpunkt. Auch die B 500 quer durch den Schwarzwald endet hier.
Die Stadt ist am 1. Januar 1975 durch einen Zusammenschluß der bis dahin Städte Waldshut und Tiengen sowie der Gemeinde entstanden. Die Gemeinde Eschbach Indlekofen Oberalpfen und wurden 1. Juli 1971 in die Stadt Waldshut eingemeindet. Die Schmitzingen Breitenfeld und Detzeln wurden am 1. 1971 in die Stadt Tiengen eingemeindet ihnen die zwei Gemeinden Aichen und Krenkingen am Juli 1974 .