1989 wird Schüssel Wirtschaftsminister (Bundesminister für Angelegenheiten) in der von SPÖ und ÖVP gebildeten Großen Koalition unter Bundeskanzler Dr. Franz Vranitzky 1995 Bundesparteiobmann der ÖVP. 1995 wird er Vizekanzler und Bundesminister für auswärtige Angelegenheiten im Vranitzky IV und wird am 12. März 1996 in denselben Funktionen im Kabinett Vranitzky bestätigt. 1997 wird er in denselben Funktionen das Kabinett der Regierung Klima übernommen und übernimmt so auch turnusgemäß 1. Juli 1998 den EU-Ratsvorsitz für die Dauer der nächsten sechs Vom 28. Oktober 1999 bis zur Angelobung als Bundeskanzler ist Klubobmann der ÖVP im Nationalrat .
Nach den Nationalratswahlen am 3. Oktober 1999 und darauffolgenden langen Parteiengesprächen bildet Schüssel Koalition mit der FPÖ und wird am 4. Februar 2000 österreichischer Bundeskanzler obwohl die ÖVP mit 9 % der gültigen Stimmen auf den Platz hinter SPÖ und FPÖ zurückgefallen war er vor den Wahlen für diesen Fall hatte in Opposition zu gehen. Diese Regierungsbildung hat internationale und Sanktionen durch die übrigen EU-Mitgliedsstaaten zur Folge im September 2000 nach Vorliegen eines Weisenberichts wieder aufgehoben Behauptungen nach denen die SPÖ an der dieser Sanktionen mitgewirkt hätte werden von dieser
Schüssel gelingt es die vor seiner zerstrittene ÖVP zu einen auch indem er als erster ÖVP-Parteiobmann seit 1970 geschafft hat zu werden. Er wird oft als intelligent auch als opportunistisch oberlehrerhaft und spröde angesehen. Auftritte sind Medienfachleuten zufolge nicht Schüssels Spezialgebiet. nehmen ihm insbesondere die Koalition mit der FPÖ übel. Andere meinen allerdings dass es Schüssels absolutistischem Führungsstil als Jörg Haiders Eskapaden und den internen Schwierigkeiten der zuschreiben ist dass die FPÖ in sämtlichen der letzten Jahre herbe bis erdrutschähnliche Verluste musste.