Zistersdorf wurde im Jahre 1160 erstmals urkundlich erwähnt und um 1250 den Kuenringern als mit Mauern umgebene Stadt gegründet. Verleihung des Stadtrechtes erfolgte 1284 .
Zistersdorf war mehrmals Opfer feindlicher Einfälle. 15. Jahrhundert wurden große Teile des Weinviertels den Hussiten heimgesucht. Im dreißigjährigen Krieg fallen die unter General Torstenson in die Stadt ein. 7. September 1706 fallen die Kuruzzen (ungar. bedeutet Kreuzträger und bezeichnet aufständische ungarische Bauern) Graf Simon Forgatsch mit 16.000 Mann in ein und töten im Schloß 400 Menschen.
Nachdem der letzte Kuenringer 1594 verstorben wurden danach die Pottendorfer später die Grafen Althan die Stadtherren von Zistersdorf. Zu den gehörte auch Rudolf von Teuffenbach der als im dreißigjährigen Krieg in de Armee Wallensteins diente. Er gründet ein Spital und Franziskanerkloster mit Kirche die heutige Pfarrkirche. Um wurde das Schloß der K.K. Ritterakademie übergeben.
Bekannt wird Zistersdorf durch seine Erdölfunde . Im August 1930 wird zum ersten Rohöl gefördert allerdings reicht die Fördermenge nicht Ausbeutung. 4 Jahre später wird die Bohrung 2 fündig und erreicht eine Tagesproduktion von Tonnen Erdöl.