Djindjic wurde als Sohn eines Offiziers Bosanski Šamac in Bosnien geboren.
Als Philosophiestudent an der Universität Belgrad begann er mit seinem politischen Engagement. wurde zu einer mehrmonatigen Haftstrafe verurteilt weil mit anderen Studenten aus Kroatien und Slowenien eine oppositionelle Studentengruppe gegründet hatte.
1989 kehrte Djindjić nach Jugoslawien zurück um an der Universität in Novi Sad zu lehren und gründete mit anderen Dissidenten die Demokratische Partei. 1990 wurde er Parteivorsitzender und im gleichen ins serbische Parlament gewählt.
Nach den von der serbischen Regierung Kommunalwahlen im November 1996 kam es zu massiven Protesten worauf Wahlsieg der Opposition doch anerkannt wurde. Djindjić Belgrads erster nicht-kommunistischer Bürgermeister seit dem Zweiten Weltkrieg . Nach Konflikten mit seinen Bündnispartnern um Nationalisten Vuk Drašković wurde er vom Belgrader Ende September 1997 wieder abgewählt.
Bei den jugoslawischen Präsidenten- und Parlamentswahlen September 2000 wirkte er als Wahlkampfleiter des aus Parteien bestehenden Bündnisses Demokratische Opposition Serbiens (DOS).
Nach dem Sturz des Milošević -Regimes führte er das Bündnis zu einem Sieg bei den Wahlen zum serbischen Parlament Dezember 2000 .
Als westlich orientierter Politiker stand er stetigen Konflikt sowohl mit den alten kommunistischen als auch mit den Nationalisten mit denen zusammenarbeitete. Feinde machte er sich auch durch Kampf gegen Korruption und das organisierte Verbrechen in Serbien.
Nach seinem Tod wurde in Serbien Ausnahmezustand verhängt um der Exekutive mehr Möglichkeiten der Verfolgung der Täter zu geben die im Dunstkreis ehemaliger Milošević-Getreuer und dem so Zemun-Clan vermutete. Insgesamt wurden 7.000 Personen verhaftet ihnen blieben 2.000 für längere Zeit in
Mehrere Verdächtige wurden bei der Festnahme Als Haupttäter wurde das Mitglied einer Spezialeinheit Innenministeriums Zvezdan Jovanović festgenommen. Am 2. Mai 2004 stellte sich auch der Drahtzieher Milorad Lukovic alias Legija. Er ließ sich in Nähe seines Hauses in einem Belgrader Vorort