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NachrichtenLexikonProtokolleBücherForenDonnerstag, 23. Oktober 2014 

Algorithms on Strings, Trees, and Sequences


von Dan Gusfield

ISBN: 0521585198

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Für das Verständnis der Techniken des Sequenzvergleichs
Dieses Buch ist eine sehr gute Grundlage für jeden angehenden Bioinformatiker, um alle Verfahren des Sequenzvergleichs gut und sehr verständlich erklärt zu bekommen. Es umfasst die wichtigsten Gebiete: vom Exakten Matching mit klassischen Methoden (Bayer-Moore, Z-Algorithmus, Karp-Rabin), die Suffixbäume und das inexakte Matching mit den verschiedenen Methoden des Sequence Alignment.
Zu nahezu jedem beschriebenen Algorithmus gibt das Buch eine umfassende Laufzeitaufschlüsselung und den dazugehörigen Pseudocode. Zur Veranschaulichung der Algorithmen enthält das Buch sehr hilfreiche Grafiken die sich auf die wesentlichen Schritte des Algorithmus beziehen.

Die Techniken welche in den großen Sequenzdatenbanken wie BLAST, FASTA usw. verwendet werden, sind nach diesem Buch kein Geheimnis mehr.
Das einzig bedauerliche an diesem Buch ist sein hoher Preis und daher nicht die volle Punktzahl.

The one book you need to study string algorithms
This is a great book for anyone who wants to understand string algorithms, pattern matching or get a rigorous algorithmic introduction to computational biology. Comprehensive textbook covering many useful algorithms. Very well written.

The String Algorithm Bible?
A wonderful book that covers many of the basic algorithms (Z, Boyer-Moore, Knuth-Morris-Pratt) and then moves on to a wonderful discussion of suffix trees and inexact matching. This is an essential book on the topic, but definitely targeting programmers; if you're not a programmer, this book could be a challenge. Of course, if you're not a programmer, this book may hold little interest to you.
Siehe auch:

> Algorithms on Strings, Trees, and Sequences
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