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Gemeinsam rechnen wir schneller

17.01.2008 - (idw) Johann Wolfgang Goethe-Universität Frankfurt (Main)

Uni Frankfurt koordiniert e-NMR-Projekt der Europäischen Union - Anschluss an das GRID der Hochenergiephysik verkürzt Rechenzeiten und macht Strukturaufklärung durch NMR für mehr Wissenschaftler zugänglich FRANKFURT. Die Kernresonanzspektroskopie (NMR) ist eines der wichtigsten Arbeitspferde der Strukturbiologie, doch die Methode könnte noch häufiger zur Lösung biowissenschaftlicher Fragestellungen beitragen, wenn die Analyse der Daten nicht so komplex wäre. Die Struktur von Biomolekülen lässt sich nämlich aus den experimentell gewonnenen Daten nur mithilfe hoch entwickelter Computerprogramme berechnen, deren Anwendung für Nicht-Experten schwierig ist. Dieses Hindernis soll jetzt durch ein mit zwei Millionen Euro von der EU finanziertes e-NMR-Projekt überwunden werden. Dazu wird das NMR-Computer-Netzwerk an das weltweit operierende und sehr leistungsstarke dezentrale Netzwerk (GRID) der Hochenergiephysik angeschlossen.

Bereits seit April 2006 koordiniert Prof. Harald Schwalbe von der Universität Frankfurt die Vergabe von Messzeiten im Rahmen eines EU-NMR Netzwerkes, an das acht europäische Länder angeschlossen sind. Während die experimentell arbeitenden Wissenschaftler über diese Einrichtung gut vernetzt sind, gibt es nur eine Handvoll international ausgewiesener Experten, die sich mit der Entwicklung geeigneter Computerprogramme zur Interpretation der Daten befassen. Einer von ihnen ist der kürzlich an die Universität Frankfurt berufene Prof. Peter Güntert. Zwar rechnen ohnehin schon die Hälfte aller NMR-Forscher weltweit mit Günterts Software, doch bislang gibt es keine einheitlichen Protokolle, die einen allgemeinen Austausch von Daten erlauben.

Künftig sollen sich Wissenschaftler weltweit per Internet auf dem NMR-Computer-Netzwerk einloggen können. Ihre Rechneraufträge werden dann über das GRID aus Supercomputern der Hochenergiephysik in sehr viel kürzerer Zeit als bisher bearbeitet. Die Ergebnisse gelangen über das NMR-Netzwerk zu den Auftraggebern zurück. Dazu müssen bereits vorhandene Computerprogramme für eine ferngesteuerte Nutzung umgerüstet werden. Innerhalb des elektronischen Netzwerkes sollen dann Standards für den Austausch und die Prozessierung von Daten festgelegt werden, die auch für Software-Entwickler außerhalb der Forschergruppe zugänglich sein werden. Geplant sind außerdem eine Datenbank mit Anwendungsbeispielen und Testdatensätzen sowie Schulungen anhand von Problemen aus der Praxis. Alle diese Aktivitäten sollen den fachlichen Austausch in der aus Chemikern und Physikern bestehenden Gemeinschaft der NMR-Anwender fördern und neue Disziplinen für die Methode interessieren.

Informationen: Prof. Harald Schwalbe, Institut für Organische Chemie und Chemische Biologie, Campus Riedberg, Max-von-Laue-Str. 9, 60438 Frankfurt. Tel: (069) 798-29737, E-Mail: schwalbe@nmr.uni-frankfurt.de

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